O denominado Museu Açoriano foi criado em 1876, no antigo Liceu Nacional de Ponta Delgada, pelo Dr. Carlos Maria Gomes Machado. Aqui, foram reunidas coleções de Zoologia, Botânica, Geologia e Mineralogia, tendo por objetivo o estudo. Mais tarde, em 1880 as portas foram abertas ao público.
Após 1914, em homenagem ao seu fundador, atribuiu-se o nome de Museu Carlos Machado.
O acervo foi crescendo com iniciativas de notáveis açorianos, e, em 1930, após a aquisição do Convento de Santo André, reuniu-se num só local as coleções que se encontravam distribuídas por diferentes edifícios.
Em 2016, foram reformulados e abertos ao público circuitos no antigo convento.
